да могут , так как раздел с ты не удалишь без удаления вторичного раздела D:
(потому делай сначала копию файлов )
а то что он не дает форматировать из диска винды - ты вероятно из ос установку делаешь, а не из загрузки с сд ,во время запуска пк.
(в этом случае он сначала переписывает файлы установки на С,и потому не дает форматировать его ..)
или смотря какая система - так же просить удаления вторичного раздела.