Посмотри прерывания, видать конфликты есть, надобно вручную присвоять разные. Я 3 винта постоянно юзаю и никаких проблем, перешей мать не повредит а может и поможет, если дело не в этом то перемычками раздели, у тебя может они вовсе без них, вот комп и думает что к чему, хотя по идее крайняя соска первый, а вторая второй, мож чипсет южный перегревается он рулит контролером памяти и обычно даже радиатором не защищен, если конечно это не nforce 3 или 4 , там он один.