Как не чистит-то? Откройте CCleaner и активируйте Сервис, Автозагрузка, как на скрине:
http://www.tehnari.ru/imagehosting/2...5befda8fc2.jpg
при выделении пункта в списке кнопки Включить, Выключить, Удалить становятся активными.
Вручную чистка раздела автозагрузки реестра производится следующим образом:
загружаете regedit, в левой панели открываете раздел HKEY Local Mashine, Software, Microsoft, Windows, Current Version ищите разделы, начинающиеся со слова RUN, их может быть несколько. При выборе этого раздела в правом окне редактора реестра отобразятся записи, ненужные можете оттуда удалить.
Не рекомендую неопытным пользователям, так как по незнанию можно удалить что-нибудь лишнее!