Попробуем, у нас тут 3 этажа по 12 светодиодов. Нумеруем так - этаж - номер.
Например
1-11: 11й диод на первом этаже.
Этажи считаем снизу вверх, диоды нумеруем от 1 часа по часовой стрелке.
Кажется, дошло: первый этаж - часы, второй - минуты, третий - секунды?
Часы будут настраиваться кнопками или подключаться к ПК?
Какой контроллер?