Из собственного опыта скажу, что довольно эффективно с авторанами борется Касперский.
А в целях профилактики... есть очень простой способ. Вручную создается файл autorun.inf и закидывается в корень диска (жесткого, или usb). все. После этого уже никакая нечисть не пропишется в автозапуск.