Почему чипсет-то исключили? Вполне возможна его неисправность, например, в результате "горячего" отключения устройств или короткого замыкания в цепи питания. Светодиод гореть будет, так как по моллексу на него питание подается, а вот за работоспособность цепей питания устройств материнской платы, к примеру, никто поручиться не может. Тестер в зубы и проверяйте, если вообще есть резон заморачиваться.