1) А открываются ли папки при вводе их адреса в адресной строке?
2) Папки на всех дисках не открываются или на одном?
3) Проверьте на ошибки в реестре программами cCleaner и Ace Optimizer Utilits
4) выполните программу chkdsk в консоли или меню Выполнить...