Все в этой истории старо как мир - кто-то хочет денег.
Музеем, кстати, там пока и не пахнет, все упоминания о нём - только на уровне разговоров и планов. Для размещения музея в здании также есть определенные требования, описанные в СНИПах и СанПИНах. Вполне возможно, что здание после пожара не удовлетворяет им чуть более чем полностью.
Если бы новый владелец своевременно оформил ПСД в установленном законом порядке, у чиновников не было бы основания для выдвижения иска.