Если первички соединить последовательно, работать будет нормально. Но что вы хотите снять со вторичек?
Просто параллельно включать их не стоит. Из-за неизбежного разброса параметров будет греться. Если питать нагрузки постоянным током, двойным напряжением, две разные нагрузки, двуполярным питанием - там возможны варианты.