если используется схема с пропуском трафика через компьютер - естественно нужно держать комп включенным. Софт уже посоветовали. Если получать инфу с роутера по netflow, то комп все равно должен быть включен и приложение запущено, что бы получать статистику. Можно купить самый дешманский микротик роутер и сделать подобие хотспота, и аутентификацией пользователей по маку/паролю, он будет вести статистику по объему скачанной инфы сам, но не по приложениям. Кстати микрот умеет netflow, но я не пробовал.
На счет софта - можно поискать аналоги под линукс. тот же заббикс возможно умеет, но там опрос по snmp, можно и netflow который должен поддерживать роутер.