Если вкратце, то GUI в Linux - это совокупность X-сервера (или Wayland) и рабочего стола (Gnome, XFCE, LXDE, KDE и пр.). Оконный менеджер же запускает нужный сеанс (оболочку рабочего стола) по выбору. Может быть и такое, что gdm, оконный менеджер оболочки Gnome, запускает оболочку KDE. Тут как настроить. Это просто функциональные блоки.
Вообще не нужно в это особо вникать, есть более интересные вещи