У меня та же фигня с этим рапидом. Отключал мне жесткий полностью из-за отсутствия на него "нагрузки" пару раз. Но в принципе для меня это не проблема т.к. на нем стоит стим и он включен всегда. А выключался пару раз когда вырубал стим и по какой-то причине не шел спать (залипал в смешные картинки в интернете). По идеи фиксится все это удалением этой утилиты т.к. не особо то и нужна она по факту.
Выключал он мне его примерно также как и у вас - в разделе моего компьютера, напротив диска, отсутствовала вобще какая-либо информация что на нем что-то есть. Как будто он не размечен в принципе. Но, он включался как только попытался его открыть - проводник подвисал, пытался зайти в него и опа - все файлы на месте и работает все также. С тех пор прошел уже ~год+ и жесткий так больше и не отключался. А сносить рапид или отключать его очень лень.