Напряжение на выходе блокинг-генератора можно менять в небольших пределах изменяя напряжение питания и кол-во витков коллекторной обмотки.
С выбором напряжения Вы не с той стороны зашли. Нужно знать кол-во энергии, необходимое для нормальной работы пушки, рассчитать конденсатор(ы), схему управления их разряда, зарядки, питания. Только после этого подбирать необходимые компоненты.