О чём и речь. Я бы отсортировал на отдельные папки по категориям, чтобы в каждой было меньше файлов.
Лучше пусть будет некоторая избыточная вложенность, чем по 50k файлов в одной папке.
Система ведь каждый из них должна проиндексировать при открытии.