Теоретически, вредоносная программа может сделать флешку загрузочной и записать в загрузку вирус.
А ПК будет пытаться грузисться с флеш вне зависимости от того, загрузочная она или нет. Некоторые матплаты при плохой настройке вообще зависают при загрузке, если вставлена флеш.