Зависит от программы. Некоторые, хорошо написанные программы, удаляются полностью и через Панель управления, а некоторые и CCleaner не полностью удаляет, приходится ручками чистить. Есть, конечно, специализированный софт, с помощью которого можно полностью удалить программу, но я лично не пользуюсь им...