А на системных дисках скрытые папки отображает? многие вирусы делают скрытые файлы и папки невидимыми(даже при включённой опции), проверься. Флэшку можно отформатировать, и все скрытые файлы и папки с неё сгинут, если нет там ничего нужного то формать.