Я бы попробовал с помощью загрузочного диска Acronis Disk Utility сделать глубокое форматирование у акрониса несколько хороших методик форматирования, они не быстрые, но эффективные.
А вот как искать вирус в "закрытой" области на ЖД, мои мысли только так:
Dr.Web LiveDisk - Аварийное восстановление системы с диска CD/DVD или загрузочного USB-накопителя - и полная проверка.