Можно конвертировать файловую систему. Но это сопряжено с риском потери данных, поэтому перед таким действом всегда рекомендуется делать резервную копию на другом носителе.
А раз всё равно делать резервную копию - так сделайте, отформатируйте винт, как того просит устройство, а затем верните на него данные