Это не глюк, это - "сэкономили".
Схемы управления кулером там нет, но нетрудно догадаться как она сделана. Для управления "горячей кроватью" (hot bed), "горячим концом" (hot end) и кулером (fan) сигнал снимается с порта МК и через резисторы идет на затворы мосфетов. Т.к. эти же порты используются для других нужд (чтения флешки, входных датчиков и пр.), то на кооткое время их переключают в другой режим. На нагреве это не заметно, а кулер начинает вращаться медленнее.
Кардинально проблема решается установкой регистра-защелки и правкой ПО. Но в качестве "заплатки" можно использовать простенькую схему задержки включения/выключения. Для этого придется добавить вот такую схему:
(То, что нужно добавить, находится внутри прямоугольника серого цвета.)