Такое было тоже,когда после подключения TV и просмотра фильмов переходил снова на комп,при этом не делал основным монитор компа,приходилось делать копии ярлыков.Т.е,при переходе на монитор необходимо его сделать основным,перезагрузить и ярлыки и папки рабочего стола появляются,где и были.