Не совсем понимаю суть проблемы. Сканируется сколько надо страниц/документов. Потом в левом столбце нужно выделить все отсканированые и распознаные страницы затем ПКМ по ним и выбрать:
Экспортировать/Передать в. И все.
В свои студенченские годы я имено так делал. Или в новом FineReader схема поменялась? Я просто с тех пори им и непользоваллся.