Скажите, а зачем там вообще таймер?
Вы разрешили прерывание по спаду INT0, объявили обработчик - что еще надо? Флаг прерывания сам сбросится при входе в обработчик.
Или же у вас дребезг контактов?
Но тогда лучше вообще все по таймеру, а внешнее прерывание запретить.
Читать по таймеру, сравнивать с предыдущим.