А проверка эта самая до конца доходит? Об ошибках пишет?
Предлагаю сделать полную проверку диска. Очень похоже, что диску постепенно приходит конец. Кроме того, можно отключить эту проверку насильно, но стоит ли? Отключение:
Пуск -> Выполнить
В поле ввести chkntfs /x g: