Было нечто похожее и у меня, оказалось все просто: файлы и папки оказались тупо скрытыми+ внезапно отключилась функция в Свойствах папки "Показать скрытые файлы...". Проблему решил так: Подрубил хард к другой машине(там то я и понял в чем глюк) почистил от вирусов, проверил хард на наличие ошибок/воткнул обратно - все нормально, все файлы на месте. Правда систему все таки пришлось ставить по-новой.