Экстрасенсов я тут не замечал. Откуда мне, к примеру, знать как ты там земляную линию развёл? Как питание и сигнальные линии протянул по схеме, как питание зашунтировал конденсаторами и т.п.? Судя по тому что даже с кулера помехи во всю шуруют - там явно много чего переделать прийдётся.
Вот мой ответ: Учи теорию. Когда будешь понимать как все элементы на друг на друга влияют, как в проводах помехи появляются и т.п. - тогда и сможешь нормально всё упаковывать...
А вообще рецепт стандартный - не экономить на конденсаторах. Шунтировать питание керамикой или плёнкой поближе к чувствительным к пульсациям элементам. Силовые линии толстым и максимально коротким проводом тянуть. Грамотно протянуть массу. Масса это опора, относительно неё вся гадость и ползает по схеме.