если я правильно понял, то попробуй удалить линки в ручную.
C:\
Documents and Settings\
твой юзер\Start Menu\
Programs
C:\
Documents and Settings\
all user\Start Menu\
Programs
если же
контекстное меню, имеется виду (правая кнопка на рабочем столе) ,то попробуй программой tune-up удалить(Настройка системы) и