если бэдов много, то вряд ли все закроешь, а тормоза явно из-за них.
Можно попробовать сделать низкоуровневое форматирование (HDD Low Level Format, HDDScan), но не факт, что все спрячет. Можно переразметить винт, исключив поврежденную область. Поможет, но теряешь объем. Стопроцентный вариант - замена винта
.