Правой кнопкой на диск - Свойства.
Потом Выполнить проверку. Ставишь обе галки, нажимаешь Запуск.
Если диск системный, тебя предупредят, что в данный момент операция невозможна, проверка будет произведена при следующем запуске системы. Соглашаешься, ставишь на перезагрузку.
Затем таким же макаром запускаешь дефрагментацию диска.
Вот наглядно:
http://img32.imageshack.us/img32/9678/scanz.th.jpg
А если на машине стоит Nero, то отключи из автозапуска службу Nero Check - она тоже сильно тормозит систему, а толку от нее как от козла молока. Пуск - выполнить - вводишь msconfig, жмешь ентер, выбираешь вкладку Автозагрузка, снимаешь галку с неро чек, ОК, перезагруз. При загрузке выпадет окошко, скажешь ему "отвали, и в дальнейшем не проверяй".