Судя по вашему описанию, вы установили вторую винду отдельно от первой ( то есть либо на разные диски, либо в разные папки). Возможно клавиатура не работает в этот момент так как она USB.
Вы можете сделать так, что бы автоматически грузилась нужная винда:
Мой компьютер-Свойства-Дополнительно-Загрузка и восстановление-параметры.