Вообще-то не должно
Но лучше всего, если вы перед процедурой физически отключите второй ЖД (отсоединив шлейф и питание), как говорится, во избежание и для гарантии
лучше перебдеть
..все отключения и подключения выполнять только при ВЫКЛЮЧЕННОМ (!!!) ком-ре, лучше даже от сети.
Флопик есть на компе?