Запустить FM - очень маловероятно что получится...
Объективно, проще в настройках X-ов сдвинуть экран, тогда все выровняется.
Еще есть вариант в настройках драйвера. Например, в nvidia с линовскими драйверами идет утилитка nvidia-settings, в которой все довольно просто можно настроить. Насчет ati не в курсе...
По поводу свичера - попробуй X Neural Switcher. Сам если честно не пользуюсь, мне такие проги не подходят, но однокурснику настроили - вроде доволен.
P.S. кстати по поводу монитора - у тебя же там DVI-I, верно? Судя по проблемам - он работает в аналоговом режиме. Но DVI-I может работать и в цифровом, там и картинка получше будет и проблем таких нет. Не ручаюсь, но в меню проги под Windows должен быть пункт переключения дефолта на чисто-цифру. В цифре никаких проблем со сдвигами не будет.