Стоп, а Виндвос был на каком диске, или на обоих? Если на одном из дисков папки в Program Files пустые, то просто их шифт+делет, а если в их есть что-то и Вы их перенесете, то возможен сбой работы программ, которые в их установлены. Надо пояснить историю появления папки Program Files на втором разделе