Ни одна программа не в состоянии самостоятельно решить, что нужно пользователю на компьютере, а что - не нужно. Папки после удаления остаются в случае, если в них хранятся какие-либо файлы, не включенные при конфигурации программы-унисталлера в список удаления.
Насчет анализа каталогов и поиска пустых - попробуйте программу Ace Utilites, возможно, она поможет решить вашу проблему.