Тут вероятно сами субтитры изначально заданы с неправильным временем... Исправить можно вручную, то есть менять время сидет в блокноте переписвывать.. Но думаю это как минимум тупо, да и муторно... года на 2 работы
В таком случае тут уж ничего не поделаешь... Либо качать другие суб титры, либо может есть в каком-нить плеере опция, где субтитры можно перемещать по времени...