NTFS по идее надежнее (на практике не замечал особой разницы), на мощном компе разницы в скорости нет, на слабых лучше использовать FAT32 во избежание тормозов. Основное отличие, если не вдаваться в подробности строения (я их сам толком не знаю) -- максимальный объем локального диска (для FAT32 около 40гектар, для NTFS сколько-то там терабайт) и максимальный объем файлов, имеющий ограничение в FAT32 (4Gb) и не имеющее в NTFS