Систему устанавливали уже после форматирования? Если да, попробуйте скопировать системные файлы с C на диск H, отредактировать boot.ini и выставить в БИОС загрузку с системного винчестера.
Но менять букву диска не рекомендую, так как некоторые записи в реестре имеют абсолютный адрес, поэтому система может глючить.
Правильнее будет, конечно, заново переустановить систему, отключив второй винчестер.