Мастер-слейв актуален только для IDEшных хардов(широкие шлейфы). Для проверки ваших проблемных хардов, я бы вам рекомендовал, чтобы не запутаться. Снять все HDD с системы и подрубить один из проблемных хардов к мамке, перемычки в этом случае можете вообще удалить и отпишитесь сюда как прошла загрузка.