Возможно у вас диск С работает в режиме PIO. Правый клик по Мой компьютер\Свойства, вкладка Оборудование\Диспетчер устройств, IDE ATA\ATAPI контроллеры там в первичных и вторичных каналах в свойствах на вкладке дополнительные параметры должен стоять режим передачи DMA, если доступно.
Еще можно послушать с открытым корпусом откуда именно звук: скрутить в трубочку лист бумаги и выслушивать точечно. Ну это, конечно, что бы точно выяснить откуда идет звук, потому что у большого количества людей подобные проблемы. Не поленитесь, а то лечить комп не от той болезни... Или проще, запустите без "проблемного" диска выключив его на время.