Сложновато сказать в чем может быть проблема, возможно на диске появились бэд блоки, или нестабильно читающиеся сектора, но могут быть и другие причины ... без диагностики сложно определить причину неисправности... или Винда сглючила, или вирь хитрый.
При неправильной установку виндов бывает такая штука, если вовремя системный диск не вытащить...