Нужно снимать винчестер и проверять его на вирусы полностью, так как они могут прописаться в любом каталоге диска.
Как вариант, в безопасном режиме проверьте сектор автозагрузки реестра, может там что есть. Также гляньте обычную автозагрузку и Назначенные задания.
Если ничего не найдете - попробуйте откатить систему с точки восстановления.