С трахтением вентилятора я встречался. Это происходит, если меняется скорость вращения. Он может резонировать. Есть ещё такая причина - вентилятор задевает корпус. От всех этих проблем я быстро избавился.
Сравни: у тебя трахтение кулера, а у меня вообще шум от бытового вентилятора в диаметре в 50 см, направленный на монитор и системник.
Компьютер у тебя долго грузится, так как ищет твой флопик. А ты попробуй удалить драйвер устройства пред тем как отключить привод.
Когда будешь грузиться, зайди в BIOS, отключи флопик.