Ага предпочтительнее воспользоваться дистрибутивом программ и проинсталировать их заново после переустановки системы. А то как сказал
Чёрный Лёд действительно многие программы так работать не будут, так как помимо папки Program files они прописываются еще в других местах. Просто скопируйте с диска С самое необходимое, фотографии, документы если вдруг храните все на этом диске и переустанавливайте. Проги как уже писали предпочтительно ставить с установочных дисков.