С точки зрения производительности и надёжности, чем больше размер кластера, тем лучше. Всегда.
Ибо чем больше кластер, тем меньше размеры таблиц "FAT", а значит, файловые операции выполняются быстрее, меньше грузят проц, требуют меньше памяти, гораздо меньше степень фрагментации и время на дефрагментацию, существенно меньше нагрузка на сами винты.
Но нужно помнить два обстоятельства:
1) В случае наличия большого количества мелких файлов и большого кластера, бесполезно расходуется много свободного места на диске. Например, 1000 файлов по 1 килобайту (общий объём 1 мегабайт) откушают на диске 32 мегабайта свободного пространства при размере кластера 32к.
2) Встроенный виндовый "DriveSpace" не работает при размерах кластера более 4к.