Потключаешь флеху - ставишь диск с Виндой в СД-юк - перзагружаешь комп - загрузка с СД - начинается загрузка Виндовс - окно выбора дисков для инсталла (вот тут будут разные разделы. Смотришь, какие разделы содержит твоя флеха (2 раздела) удаляешь каждый, а потом из них создаешь один) - выходишь из программы установки - заходишь в Винду и просто форматируешь флеху - получается один раздел (один диск, например F
.