функцией веб-сервера пользуетесь? если нет, отрубите нафик апач.
NOD32 как настроен? попробуйте настроить глубокое сканирование с показом всех системных файлов и с проверкой не только вирей, но и вредоносного ПО. В общем, самую жесткую проверку запустите. Кстати, давно база обновлялась?