Чистят его потому что там со временем скапливаются ненужные данные(как правило после удаления программ/игр), в результате чего Винда начинает глючить...
Для чистки я предпочитаю использование специальных прог. Вот некоторые бесплатные:
http://www.iobit.com/advancedwindowscareper.html (Может чистить не только реестр, но и временные файлы и SpyWare...) - Мой выбор
http://www.registryfix.com/download/index.htm
http://www.eusing.com/free_registry_...ry_cleaner.htm