Внешний жесткий диск с интерфейсом usb,fireware склоняюсь к фирмам seagate, western digital (WD).
Сперва надо будет выяснить, что за файловая система на нем, возможно будет fat32 (не может копировать файлы больше, чем 4 гига), поэтому нужно будет форматировать, либо в родной формат linux, например ext2 или в ntfs, в первом случае для распознавания windows-ом необходимо поставить доп. драйвер на винду.
Разделить диски конечно можно.
И после того как установите linux, например ubuntu 8.10 intrepid ibex(пока последняя на сегодня версия) в БИОС на первое место поставите usb внешний жесткий диск, он там должен отображаться и загрузка пойдет с него. Вот только запустить на другом компе этот linux неудасться так как в нем уже прописались компоненты вашей системы - мать, видео и тд... в этом случае поможет live cd или live dvd диски либо сейчас можно сделать live usb флешку, а соответственно и на внешнем жестком диске можно сделать такой live вариант, только настройки будут все стандартные, так как грузиться линукс будет всегда заново то есть собирать инфо будет о системе поновой не запоминая.
Надеюсь понятно изложил.
Покупаете внешний жесткий от seagate, wd лучше со скоростью 7200 оборотов емкостью от ... сколько позволит ваш капитал.