Программа ActiveUndelete попытается скопировать все файлы и папки с испорченного диска на второй диск. Но это не означает, что если после восстановления файлов и форматирования C: диска, скопировать воостановленные файлы обратно на С: все будет так же как и было - некоторые файлы востановить всеравно не удастся, да и зачем восстанавливать снесенные системные файлы? Если помниш адрес папки с нужными тебе файлами просто пропиши его в программе, и она попытается восстановить их.