Значит на дисках разные файловые системы и размер кластеров. Кстати, скорость должна различаться и от типа файлов - большие(например видео файлы) или много мелких. От всех этих вещей и зависит скорость в конкретном случае.
А вообще-то у меня подобная фигня: с С на D копирование вдвое быстрей, чем если наоборот. Видимо, это у всех так и это нормально.